Malheureusement, le reste des éléments narratifs et stylistiques reste décevant, loin des attentes que pouvait susciter cette mise à jour du classique de Hanna-Barbera. L'intrigue, pourtant prometteuse au départ, se transforme vite en un fouillis scénaristique. En cherchant à intégrer plusieurs personnages et éléments issus d'autres franchises de Hanna-Barbera, le film se perd dans un amalgame confus qui nuit à la cohérence et à la simplicité qui faisaient le charme de Scooby-Doo. L’histoire part dans toutes les directions, enchaînant des caméos inutiles et des clins d'œil qui, loin d’apporter de la profondeur, diluent l'identité même du film. Ce manque de focalisation épuise rapidement le spectateur, d’autant que la relation entre Scooby et Sammy est rapidement reléguée au second plan dès que les personnages deviennent adultes, ramenant le film dans une routine lassante.

Les choix stylistiques semblent paradoxaux : alors que le film se veut moderne, il s'embarrasse de ressorts comiques obsolètes et de bruitages rétro, qui alourdissent l'expérience et donnent au film un ton décalé, en porte-à-faux avec son ambition de modernité. Ces ressorts, bien qu’iconiques dans les anciens épisodes, paraissent ici dépassés et trop insistants. L’abandon des éléments surnaturels au profit d’une intrigue autour d’une parodie de film de super-héros prive le film de l’ambiance de mystère qui définissait l’univers de la franchise.