C'est Halloween et un nouvel ennemi mystérieux veut se venger de Mystery, Inc. Ils vont maintenant devoir faire équipe avec leur ennemi juré - le cerveau maléfique qui se cache derrière tous les costumes de l'histoire de Scooby-Doo - pour résoudre ce mystère macabre. Avec ce nouvel allié imprévisible, Scooby et ses amis apprendront de nouveaux tours effrayants et revêtiront même les costumes de leurs plus célèbres ennemis pour sauver la situation en cette nuit spéciale d'Halloween.