Mewtwo contre-attaque ne prend pas la peine d'expliquer le contexte de l'univers Pokémon pour les néophytes. Le film se présente comme une suite à la série, laissant de nombreuses questions sans réponse. Les spectateurs non-initiés se retrouveront rapidement désemparés, sans comprendre comment tout a commencé pour Sacha et ses Pokémon.

L'intrigue, simpliste et prévisible, ne parviendra pas à captiver pleinement le public plus âgé. Les personnages manquent de développement, restant souvent stéréotypés et unidimensionnels. Le rythme est inégal, alternant entre des moments d'action frénétique et des séquences lentes et peu excitantes. Les dialogues sont souvent dénués de profondeur et d'originalité, rendant difficile l'attachement aux personnages ou l'investissement émotionnel.