Mewtwo et ses amis, les clones des Pokémon, ont enfin trouvé un endroit où ils pouvaient vivre en paix, bien loin de ce cruel monde humain... Mewtwo avait effacer de toutes les mémoires toute trace de bataille entre lui, les Pokémon et la Team Rocket... Seul Giovanni, force maléfique derrière la création de Mewtwo s'en souvient... Tout bascule lorsque le leader de la Team Rocket découvre leur cachette. De plus, Sacha et ses amis les véritables Pokémon se retrouvent sur l'île au même moment. Alors qu'un ultime combat entre tous se profile à l'horizon, les forces de l'univers entrent en jeu et le destin de Mewtwo se retrouve entre les mains de Sacha...