Un groupe de scientifiques menés par le Professeur Rondo accompagné de son fils Tori, sont en plein investigation sur la banquise quand une météorite s'écrase non loin de leur camp de base. Du cratère encore fumant émerge une silhouète : Deoxys. Apparait alors le gardien des cieux Rayquaza. Quatre ans plus tard, Sacha et co arrivent à Larousseville, une métropole à la pointe de la technologie. Sacha veut concourir à la Tour de Combat locale. C'est là qu'ils rencontrent Tori. Pendant ce temps, Deoxys les suit, mais pour quelle raison ?