Le professeur Spencer Hale, spécialiste de la mythologie Pokémon, a disparu au centre de recherche de Greenfield. Affolée, Molly, sa fille, se laisse emporter par la magie des rêves au pays des Zarbi, de redoutables Pokémon qui ont le pouvoir de lire dans les esprits et de façonner des mondes virtuels. Elle s'engage alors dans une nouvelle dimension et se place sous la protection d'une créature géante : Enteï, en qui elle croit reconnaître son père.