Lors d'une fête organisée à la mémoire du Seigneur Aaron, héros des temps passés, un Mew enlève Pikachu et le Miaouss de la Team Rocket. Lucario, un Pokémon enfermé depuis des centaines d'années dans une lance, se réveille lorsque qu'il voit Sacha et le prend pour son maître qui l'avait trahi. Il décide d'aider Sacha à retrouver Pikachu. Sacha et ses amis partent donc vers l'Arbre des Origines où de nombreuses surprises les attendent. Sur le trajet, Lucario va apprendre pourquoi Aaron l'a enfermé.