L'intrigue manque de surprises et reste relativement linéaire. L’histoire semble répéter des éléments déjà explorés dans le premier film, en empruntant parfois des clichés narratifs communs aux films « pour enfants ». Les personnages secondaires manquent de développement, laissant leur potentiel inexploité et limitant leur impact sur l'histoire. Le doublage français de Margalo est mauvais.

Le contexte, qui s’affranchit de toutes les lois de la logique, est toujours aussi absurde que dans le premier film. Il semble distinguer deux sortes d’animaux, les ordinaires et les évolués, les ordinaires étant les animaux que l’on connait, et les évolués des versions anthropomorphes qui bénéficient du don de la parole et d’un sens vestimentaire, parmi lesquels Stuart Litlle et sa nouvelle amie Margalo, le petit oiseau qui porte un casque d’aviateur et une écharpe. Une définition visuelle que ne partage pas le méchant du film, un faucon, qui, lui, ne porte aucun vêtement, mais qui a tout de même le don de la parole. Par ailleurs, si Margalo peut communiquer avec les humains de la famille Little, Snowbell le chat domestique, quant à lui, ne peut pas communiquer avec eux et doit se contenter de miaulements. Un cadre contextuel qui manque cruellement d’homogénéité et de logique dans sa définition.