Jonny Quest, Hadji et Bandit sont sauvés des griffes d'une bande de chats mécanisés envoyé par le Docteur Zin sur une plage de Floride par Tom et Jerry. En remerciement, ils sont invités à passer la nuit dans le laboratoire du Docteur Benton Quest. Mais le Docteur Zin qui est au courant de la nouvelle invention du scientifique, un générateur qui créé une puissance sans fin, veut la voler. Tom débranche le système d'alarme par accident permettant aux félins de voler l'invention. Par la même occasion, le docteur Quest est enlevé et emmener sur l'île de Zin. Le chat et la souris vont devoir s'unir pour aider Jonny à sauver son père et la planète.