Shinji, traumatisé par la mort de Kaworu, refuse de continuer à piloter son Eva. Dans le même temps, Misato découvre ce qui a provoqué le Second Impact il y a 15 ans mais aussi la vraie nature du plan de complémentarité de l'Homme. Cependant, la SEELE est bien décidée à se débarrasser de la NERV maintenant que tous les Anges ont été éliminés et envoie donc de nouveaux EVA pour accomplir cette tâche. Asuka, qui est sortie du coma, va tenter de les combattre tandis que Gendo se prépare à lancer le Third Impact.

Note: Neon Genesis Evangelion - Death and Rebirth et Neon Genesis Evangelion - The End of Evangelion sont compilés dans une version finale intitulée Revival of Evangelion (inédit en France).