En l’an 2015, notre monde se remet à peine d’une terrible catastrophe appelée le Second Impact, qui a endommagé l’écosystème et surtout décimé la moitié de la population terrienne. Cette catastrophe est imputée à des êtres de nature inconnue, les Anges. Afin de les combattre, une organisation secrète, la NERV, a recruté de jeunes adolescents qui doivent piloter des robots géants appelés Evangelion. C’est le cas de Shinji Ikari, le fils du chef de la NERV, Gendô Ikari, qui est lié à une autre organisation agissant dans l’ombre, la SEELE.

Note: Neon Genesis Evangelion - Death and Rebirth et Neon Genesis Evangelion - The End of Evangelion sont compilés dans une version finale intitulée Revival of Evangelion (inédit en France).