L'histoire se déroule dans une Europe alternative. Bien que le monde soit en paix, des compagnies privées s'affrontent dans des opérations militaires aériennes montrées par les médias tels de grands shows dramatiques. Yûichi Kannami est l'un de ces Kildren (des êtres génétiquement modifiés pour rester sous les traits d'adolescents) qui participent aux combats à bord de leurs appareil à hélices. Il vient tout juste d'être muté par la Rostock Corporation sur un nouvel aérodrome où il va faire la connaissance de son supérieur, la caractérielle Kusanagi Suito ancienne pilote comme lui de Sanka B à hélices contrarotatives. Commence alors pour notre héros une double mission : être accepté en tant qu'être à part entière, et non comme le remplaçant de Jinro, tout en se mesurant à l'as de l'aviation ennemie, le « Professeur »…