Le gouvernement japonais a commencé à exporter le système Sibyl dans d'autres pays pour parvenir, à plus long terme, à l'implanter dans le monde entier. L'union d'Asie du Sud Est décide alors de se laisser tenter par l'expérimentation et instaure le système au sein de sa société, apportant ainsi une paix et une sécurité temporaire dans la ville côtière de Shambala Float malgré la guerre civile dans laquelle s'enfonce le reste du pays. Très vite, il apparaît qu'un ancien membre de la police japonaise s'est rangé du côté des rebelles opposés à ce nouveau système. Son expérience et ses connaissances leur permettent alors de lutter efficacement contre les armes ultrasophistiquées du gouvernement militaire de Shambala Float, s'attirant ainsi les foudres de ce dernier. De son côté, l'inspectrice de la Sécurité Publique, Akane Tsunemori, va être amenée avec son équipe de l'unité 1 à mener l'enquête hors de Tokyo et de la juridiction de Sibyl après l'intrusion soudaine de terroristes de l'U.A.S.E sur le sol japonais, terroristes qui semblent avoir un lien avec son ancien collègue et ex-exécuteur devenu paria, Shinya Kôgami.