La légende veut que Woonan, surnommé le Grand Pirate d'Or, ait laissé à sa mort un trésor colossal sur une petite île isolée. Nombreux sont les pirates qui convoitent cette montagne d'or. Le capitaine Eldorago et son équipage sont sans doute les plus acharnés : après avoir traqué et tué tous les anciens membres de l'équipage de Woonan, ils mettent la main sur la fameuse carte permettant de localiser l'île et le trésor du pirate disparu. Diverses circonstances conduiront l'équipage du chapeau de paille, dont les membres ont été séparés, à se mettre eux aussi à la recherche du trésor. Dans cette quête, ils seront aidés d'un jeune garçon, Tobio, désireux de retrouver Woonan pour faire partie de son équipage, ainsi que de son grand-père, Ganzo, qui semble connaître Woonan bien plus qu'il n'y paraît.