UC 0093. Treize années se sont écoulées depuis les événements du conflit opposant le gouvernement fédéral de la Terre aux fidèles du Duché de Zeon. Mais Char Aznable revient à la tête de l'armée de Neo-Zeon, fermement décidé à forcer l'humanité à émigrer complètement dans l'espace quite à plonger la Terre dans un hiver nucléaire. Amuro Ray, aux commandes du Nu-Gundam, l'une des armures de combats les plus avancées, accompagné par ses camarades de la Fédération, se dressera face au déferlement de violence de Neo-Zeon. Un véritablement déchirement entre vengeance, devoir et amour sonnera le glas de la bataille finale !