Les années ont passé. Ruri Hoshino est devenu commandant du Nadesico C, troisième vaisseau de la Nergal de type Nadesico. Ruri est avisée par son QG que dans un des systèmes solaires régi par les forces terrestres une attaque est survenue par un engin mystérieux. Celui-ci a détruit une grande partie de la division basée sur place. Le Nadésico C est désigné pour faire le point sur cette affaire et identifier le coupable.