L'animation est brillante dans sa technique. L'entièreté des décors et des personnages est en claymation et témoigne d'un travail minutieux, notamment au niveau du chara design et de la pluralité des designs : pas un seul personnage n'a le même visage qu'un autre. Les visages et les corps sont détaillés, tout comme les animaux, auxquels beaucoup de vie est apportée par des réactions et des expressions qui ne sont pas figées par de possibles contraintes techniques. Tout bouge, mute et évolue, même de manière irréaliste, pour forger un rêve vivant en pâte à modeler. Cela se voit dès l'entrée de jeu avec le livre de Mark Twain s'ouvrant pour laisser sortir des flots d'eau, changeant les stylos en poissons dans la séquence d'introduction. Mais le film ne se contente pas d'animer un personnage à la fois, il fait vivre tout un décor. L'animation est vivante sur tous les plans, avec des mutations et une facilité à transformer un décor en un autre ou un animal en un autre, en jouant pleinement de sa condition de claymation.

Sur le plan narratif, c'est une histoire fantastique qui emporte par sa magie. Le choix d'une histoire magique, même en dehors de la fiction (Mark Twain qui lie son histoire à celle de la comète de Halley, arrivée le même jour que sa naissance), se voit retransmis à la petite enfance par le regard de trois petits personnages curieux. C'est aussi un voyage didactique par un Mark Twain qui comble la curiosité des enfants innocents, auxquels le spectateur se rattache facilement. Que ce soit sur la science ou les études religieuses, comme la figure de Satan ou d'Adam et Ève, Les Aventures de Mark Twain ne cesse de surprendre à chaque segment.