Le film souffre toutefois de son statut de suite directe d'une œuvre aussi dense que Final Fantasy VII. En seulement quelques dizaines de minutes d'introduction, il lui est impossible de retrouver la richesse narrative, le développement des personnages et la complexité du scénario qui faisaient toute la force du jeu. L'intrigue donne fréquemment l'impression de survoler ses idées, tandis que plusieurs choix scénaristiques peinent à convaincre. Le retour de Sephiroth apparaît artificiel et les explications qui l'entourent manquent de crédibilité. La résurrection de Rufus constitue également un choix difficile à accepter tant elle affaiblit la portée de certains événements du jeu original. Cette suite laisse finalement le sentiment de ne pas respecter pleinement l'héritage de son matériau d'origine. Une série ou une trilogie aurait sans doute permis d'exploiter cet univers avec davantage de profondeur et de fidélité. Enfin, le film reste très peu accessible aux spectateurs qui ne connaissent pas déjà le jeu, tant il repose sur les connaissances acquises auparavant.