Shirô avait fait ce serment tout en renonçant à ses idéaux. Mais alors que Sakura plonge plus profondément encore dans les ténèbres et s'approche du point de non-retour, le conflit est désormais lui aussi inévitable, et exigera de Shirô l'ultime sacrifice. Shirô, Rin et Ilyasviel devront coopérer et plonger au cœur des plus noirs secrets derrière le rituel de la Guerre du Saint-Graal afin d'y trouver le dernier espoir de sauver Sakura, et d'empêcher la naissance d'une abomination qui provoquera la fin du monde...