10 ans après "La Guerre du Saint-Graal" qui vit s'affronter Maîtres et Servants, une nouvelle guerre éclate aujourd’hui dans la ville de Fuyuki. Shirô Emiya, le fils adoptif de Kiritsugu Emiya, déjà combattant durant l’ancienne guerre, décide de prendre part à ce nouvel affrontement afin de tenir sa promesse envers son père. Aux côtés de Shirô se tient Sakura Matô, une jeune fille éprise de lui. Elle se rend chaque jour à son domicile pour lui préparer ses repas, apportant ainsi un peu de lumière dans sa vie. Mais depuis le début de "La Guerre du Saint-Graal", l’air environnant est devenu bien plus pesant. Les meurtres se multiplient dans la ville de Fuyuki. Shirô décide de protéger Sakura. Aux côtés de Saber, la Servant à laquelle il a fait appel, Shirô rejoint le camp du mage Rin Tôsaka et prend part à la guerre. Mais lorsque des forces obscures viennent se mêler à la bataille, la victoire semble leur échapper.