Dans un dépôt situé à Hakodate, dans la préfecture d’Hokkaido, une lettre d’avertissement émise par le célèbre voleur Kaito Kid vient d’être retrouvée. Cette fois, sa nouvelle cible n’est autre qu’un sabre japonais ayant appartenu à Hijikata Toshizo, l’ancien vice-commandant du Shinsengumi qui a vécu à l’époque du Bakumatsu. Par chance, Conan Edogawa ainsi que le célèbre détective de l’ouest Hattori Heiji sont justement à Hakodate pour assister à un tournoi de Kendo. Peu de temps après l’annonce du crime à venir, Heiji parvient même à démasquer Kid et commence à le traquer ! Pour quelle raison celui-ci préfèrerait-il prendre pour cible une simple épée plutôt qu’un bijou de grande valeur ?