Alors que l'humanité a obtenu la possibilité des voyages interstellaires grâce à la protoculture, les Invids prennent le contrôle de la Terre à la recherche de cette dernière. Mais la nouvelle génération de la mission Robotech est de retour pour reconquérir la planète mère. 2044. Alex et Marcus, deux pilotes de VAF-6 Alpha de la base lunaire Aluce, sont en mission de reconnaissance afin de déterminer le potentiel ennemi. Les forces expéditionnaires de Robotech ont en effet décidé de lancer l'attaque finale sur la ruche Invid. L'assaut à peine entamé, les Invids prennent le dessus grâce à leur supériorité numérique, et ce malgré une technologie alien Shadow employée par les Varitechs. La situation est d'autant plus délicate que le renfort espéré du SDF-3 de l'Amiral Hunter est ralenti par des difficultés plus loin dans la galaxie. Tous ces événements n'échappent pas à l'œil inquisiteur d'une mystérieuse race alien à l'affut, tapie dans l'ombre...