Le récit, lui, ne suit pas la même audace. L’intrigue reste linéaire et prévisible, calée sur un schéma classique d’acceptation, de rejet, puis d’affrontement final. Aucun rebondissement ne surprend, les arcs narratifs sont balisés. L’effort de caractérisation est réel, mais se heurte à un manque de subtilité. Les tortues sont plus expressives, certes, mais deviennent parfois irritantes à force d’en faire trop. April O’Neil, réécrite avec de nouvelles aspérités, peine à exister autrement que comme un faire-valoir adolescent. Les antagonistes, nombreux, bavards, colorés, sombrent dans une agitation brouillonne. La noirceur affichée au départ s’estompe rapidement, laissant place à un ton plus lisse, presque aseptisé dans la deuxième moitié du film.