Accusé d'avoir tenté d'assassiner le chef du village de Kumo, le Raikage, et tué des jonin de Kiri et d'Iwa, Naruto est emprisonné à Hozukijo, une prison pour criminels connue également sous le nom de " Prison sanglante ". Le surveillant de la prison, Mui, utilise l'emprisonnement suprême, une technique qui permet de voler le pouvoir et les capacités du prisonnier. Dans la " Prison sanglante ", quelque chose tente de s'en prendre à Naruto. Aidé par ses amis, Naruto doit à la fois prouver son innocence et découvrir la vérité.