Quelques années après les événements d'Armitage III, Naomi et Ross élèvent ensemble leur petite fille Yoko sous de fausses identités, alors que le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation pour achever le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre coté, les dirigeants de la Terre préféreraient voir ce monde demeurer une simple colonie à leur botte afin d'en poursuivre l'exploitation...