La troisième guerre mondiale a laissé le monde exsangue. Pour éviter une nouvelle horreur, les dirigeants de la planète lancent le projet Appleseed à travers la construction de la cité expérimentale d'Olympus dont l'administration est confiée à des êtres artificiels mi-hommes mi-machines appelés biodroïds. Mais cette utopie mécaniste sous-estime beaucoup trop l'éternel désir humain pour la liberté. Une liberté dont certains pensent que son prix est une éternelle vigilance et non un assujettissement à des machines...