Une légende raconte qu'à la nuit tombée, une prestigieuse école de Tokyo devient le royaume de fantômes et autres créatures invraisemblables, les "Midnighters". Lors d'une journée portes ouvertes, trois petites chipies qui n'ont peur de rien pénètrent dans l'ancienne salle des sciences condamnée pour travaux et y rencontrent Monsieur Kunstlijk, l'écorché d'anatomie de l'école, et son ami Goth le squelette.