Au XXIe siècle, la Terre est tombée sous la domination de l'Empire de Galvia par l'empereur Darius. Ricky et Ben, deux amis dont le navire a été coulé par les hommes de Darius, sont sauvés par l'équipage d'un sous-marin, le Nautilus. Celui-ci regroupe les rares personnes qui sont encore capables de lutter contre Darius et son empire, sous le commandement de leur capitaine, Nemo, dont les rapports avec sa fille Sophia sont plutôt froids. Cette jeune fille, qui vit aussi sur le Nautilus, devient vite l'amie de Ricky, et c'est ainsi que commence cette extraordinaire aventure sous-marine.