En 1870, Bernadette, une jeune femme curieuse et passionnée par l'aventure, s'embarque, déguisée en homme, sur un navire à la recherche d'un monstre marin responsable de nombreux naufrages. Mais il s'agit de bien plus qu'un monstre. le bateau sera en effet coulé par le Nautilus, un prodigieux sous-marin commandé par l'énigmatique et charismatique capitaine Nemo ! Elle se retrouve à bord de l'étrange navire avec le Dr Arronax, Conseil, son oncle, et Ned Land, un habile marin. Les quatre compagnons n'auront plus d'autre choix que de parcourir, avec Nemo, des milliers de kilomètres sous la mer, à la rencontre de créatures aussi surprenantes que mystérieuses...