La seconde moitié peine en revanche à maintenir cette dynamique et retombe dans un déroulement beaucoup plus conventionnel. L'intrigue se divise entre plusieurs groupes de personnages, avec l'apparition d'un nouveau « big boss » sous la forme d'un robot atypique et une intrigue plus centrale où deux Minions tentent de réaliser leur propre film en invoquant des monstres. Cette construction disperse le récit sans jamais lui apporter davantage d'intensité. Le scénario reste extrêmement simple et prévisible, les rebondissements manquent d'originalité et les personnages secondaires demeurent trop peu développés pour susciter un véritable intérêt. L'humour souffre également d'un net essoufflement : les gags reposent souvent sur des mécaniques déjà exploitées dans les précédents épisodes et perdent progressivement leur efficacité. Le rythme devient inégal malgré quelques scènes d'action réussies.

Le défaut le plus problématique réside toutefois dans la place du film au sein de la chronologie de la saga. Après avoir établi une continuité cohérente dans Les Minions 2, cette nouvelle aventure revient une fois de plus en arrière sans véritable justification, brouillant complètement la logique narrative de la série au point de donner l'impression que cet épisode aurait dû précéder le précédent.